Die Gemeinde Santa Margalida liegt rund 45 Kilometer von der Inselhauptstadt Palma entfernt. Sie ist Teil der Region Plà de Mallorca in der Inselmitte.
Die Gemeinde ist eine der flachsten der Insel mit kaum Höhen über 100 Meter über dem Meeresspiegel. Einige Torrents (Sturzbäche) entwässern das Gemeindegebiet Richtung Nordosten zum Meer. Im Nordwesten grenzt Santa Margalida an das Süßwasser-Sumpfgebiet SAlbufera, einem Naturschutzgebiet. Entlang der nordöstlichen Küstenlinie sind in regelmäßigen Abständen von 1.250 Metern Obelisken aufgestellt. Mit ihren 200 Meter ins Landesinnere aufgestellten Zwillingstürmen waren sie im vergangenen Jahrhundert Orientierungstürme für die Seefahrt. Zur Gemeinde Santa Margalida mit historischer Alstadt, gehören ebenfalls die beiden Badeorte am Strand: Can Picafort mit 6500 und Son Serra de Marina mit 700 Einwohnern.
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